Alors que l'orthodoxie cristalline et le duché d'Eternia ont fait la paix entre eux, Luxendarc a une nouvelle fois été menacé par le mal, mais c'était sans compté sur nos quatre héros, Yew Généolgia des Trois Cavaliers de la garde cristalline, Magnolia Arch, émissaire venue de la lune, Tiz Arrior, le héro de Norende, et Edea Lee, la fille du grand maréchal qui n'ont pas laissé faire ça et on sauvé cette terre. Depuis deux ans, Luxendarc s'est remis des événements passés et la vie reprend son cours, bien qu'un nouveau mal puisse arriver à tout moment... Et vous, que serez-vous ?